Dálnice D3 je nejmladší českou dálnici. Poprvé byla definována v roce 1987, ikdyž předtím existovala ve výhledových plánech.
První úsek D3 byl zprovozněn v roce 1991 obchvat Tábora v délce 3 km. V roce 2004 byla zprovozněna stavba Chotoviny - Tábor, čímž vznikl úsek dlouhý včetně obchvatu Tábora 10,6 km. Kromě tohoto úseku jsou ještě v provozu v polovičním profilu jsou v provozu úseky obchvat Veselí n.L., Ševětín - Borek a obchvat Dolního Dvořiště.
V současné době se staví stavba Mezno - Chotoviny o délce 6,8 km. Letos by měly být zahájeny stavby Nová Hospoda - Mezno (1,9 km), Soběslav - Bošilec (13,8 km) a most přes údolí Černovíckého potoka na stavbě Tábor - Soběslav.
Příští rok se D3 prodlouží o úsek Nová Hospoda - Mezno - Chotoviny (8,5 km).
Do nedávna byl hlavními problémy neschválené územní plány VÚC Praha okolí a VÚC Benešovsko, z důvodu výběru trasy D3. Ministerstvo dopravy navrhovalo jednu trasu a Ministerstvo źivotního prostředí druhou. Spor který musela řešit vláda. Tento spor blokoval úsek Praha - Mezno.
Proti stavbě této dálnice bojují různé ekologická sdružení.
Dálnice by podle dnešních plánu měla být dostavěna po roce 2015. Náklady na dostavbu se pohybují okolo 60 miliard.